root 가 아닌계정으로 톰캣을 실행시키려면 톰캣 자체가 tomcat을 돌리려는 계정의 홈디렉토리에 설치되어 있거나, tomcat 디렉토리와 그 하위 디렉토리를 전부 톰캣을 돌리려는 계정소유로 만들어야 합니다. 
Redhat 계열(한컴,와우)을 기준으로 tomcat 이라는 사용자명을 이용해 후자에 대해서 말씀드리겠습니다.
root 계정으로 로그인하여 

# chown -R tomcat.tomcat /usr/tomcat 

위와 같이하면 디렉토리 소유권이 모두 tomcat 계정에 속하게 됩니다. 

/etc/init.d/rc.local 파일의 맨 마지막에 다음 줄을 추가해 줍니다. 

su - tomcat -c "/usr/tomcat/bin/startup.sh" 

이걸로 됐습니다. 

지금까지 제가 본바로 대부분 사람들은 전자(tomcat 계정의 홈디렉토리 /home/tomcat)에다가 톰캣을 깔고 실행하는 것을 선호하는 것 같더군요

출처 - http://okjsp.pe.kr/bbs?act=VIEW&seq=35739&bbs=bbs3&keyfield=subject&keyword=%B0%E8%C1%A4&pg=1

톰캣을 root 계정이 아닌 tomcat 계정으로 실행 하기

우선 tomcat 계정을 생성한다.

# useradd -M tomcat

톰캣 계정 설정 확인

계정을 생성하면 home 디렉토리가 /home/tomcat으로 설정 되며, 이를 CATALINA_HOME으로 변경해준다.

# grep tomcat /etc/passwd

tomcat:x:501:501::/usr/local/tomcat:/bin/bash

실행 스크립트 작성하기

# vi /etc/rc.d/init.d/tomcat 

아래 내용을 작성한다.

#!/bin/bash
# Startup script for the Tomcat Server

# chkconfig: 345 50 50

# directory : CATALINA_HOME=/usr/local/tomcat

. /etc/profile

case "$1" in

    start)

        echo "Starting tomcat: "

        su - tomcat -c $CATALINA_HOME/bin/startup.sh

        ;;

    stop)

        echo "Shutting down tomcat: "

        su - tomcat -c $CATALINA_HOME/bin/shutdown.sh

        ;;

    restart)

        echo "Restarting tomcat: "

        su - tomcat -c $CATALINA_HOME/bin/shutdown.sh; su - tomcat -c $CATALINA_HOME/bin/startup.sh

        ;;

    *)

        echo "Usage: service tomcat {start|stop|restart}"

        exit 1

esac

exit 0

소유권을 tomcat으로 변경

# chown tomcat:tomcat tomcat  

tomcat 스크립트에 실행권한 주기

#chmod 755 tomcat 

runlevel에 등록

chkconfig에서 add 될 수 있도록 스크립트에 "# chkconfig: 345 50 50" 를 추가한다.

#chkconfig --add tomcat

실제로 리부팅시 톰캣이 tomcat 계정으로 실행되는지 확인한다

# reboot 

톰캣 실행시 데몬실행이 tomcat으로 되어 있는지 확인한다.  tomcat이 아닌 root인경우는 잘못된 경우임

# ps -ef | grep tomcat

톰캣 프로세스 수동 시작 및 종료

# service tomcat start

# service tomcat stop